实验目的

SNP（Single Nucleotide Polymorphisms，单核苷酸多态性）是由基因组上单个核苷酸改变而引起的DNA序列多态性，包括碱基的转换、颠换以及单碱基的插入、缺失等，是基因突变的一种。

实验原理

1. 直接测序法

将待检测片段进行PCR扩增并直接测序，是SNP检测方法中最准确的方法。

2. KASP分型法

KASP（Kompetitive Allele Specific PCR，竞争性等位基因特异性PCR）只需要设计并合成普通扩增引物，并利用分别带有FAM、HEX或BHQ1修饰的通用探针引物即可实现对基因多态性位点的检测。

3. 连接酶检测反应(LDR)分型方法

主要应用连接酶检测反应 (ligase detection reaction，LDR)技术。即在Taq DNA连接酶的作用下，当左右两条寡核苷酸探针与目的DNA序列完全互补，并且两条探针之间没有空隙时才能发生连接反应，否则连接反应不能进行，最后通过荧光扫描片段长度，实现对SNP 位点的检测。

4. 多重SNaPshot SNP分型方法

SNaPshot SNP分型是一种以单碱基延伸原理为基础，同时利用多重PCR对多个已知SNP位点进行遗传分型的方法。在一个含有测序酶，四种荧光标记的ddNTP，紧挨多态位点5’端的不同长度延伸引物和PCR产物模板的反应体系中，引物延伸一个碱基即终止，经ABI 3730 测序仪跑胶后，根据峰的颜色可知掺入的碱基种类，从而确定该样本的基因型，根据峰移动的胶位置确定该延伸产物对应的SNP位点。

5.Taqman 探针方法

在PCR 反应系统中加入2 种不同荧光标记的探针，它们可分别与2个等位基因完全配对。正常情况下，由于探针5′端荧光基团和3′端淬灭基团紧邻在一起，荧光被淬灭。随着PCR 的有效进行，与模板完全配对的探针逐步被Taq DNA 聚合酶5′→3′外切酶活性切割，致使探针5′端上的荧光基团与3′端的淬灭基团分离，淬灭效应解除，报告荧光基团被激活；而与模板不能完全配对的探针（代表另一种等位基因）不能被有效切割，故检测不到荧光信号，通过相应仪器检测荧光值的变化即可实现SNP位点检测。

实验步骤

实验数据

1 SNPs结果（Excel表格）；

2 原始SNP峰型图；

3 完整实验报告包括扩增和反应的体系，所涉及的引物、探针序列等。

项目服务表